genbank数据库_genbank数据库功能
在当今这个日新月异的时代，genbank数据库也在不断发展变化。今天，我将和大家探讨关于genbank数据库的今日更新，以期为大家带来新的启示。
1.ncbi，embl和什么并称三大数据库？
2.Genbank数据库与EMBL数据库格式的差异
3.ncbi 基因组dna序列是哪一个
4.如何在NCBI DNA序列中找到STS标记物
5.在genebank数据库里面怎么找到候选靶基因的引物序列
ncbi，embl和什么并称三大数据库？
DDBJ:DNA Data Base of Japan 是日本人建立的核酸数据库；
NCBI中的Genbank是美国建立的核酸数据库；
EMBL是欧洲建里的核酸数据库；
这三个数据库是连通的，数据共享。
Genbank数据库与EMBL数据库格式的差异
Genbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列；由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据；以及与其它数据机构协作交换数据而来。Genbank每天都会与欧洲分子生物学实验室(EMBL)的数据库，和日本的DNA数据库(DDBJ)交换数据，使这三个数据库的数据同步。到1999年8月，Genbank中收集的序列数量达到460万条，34亿个碱基，而且数据增长的速度还在不断加快。Genbank的数据可以从NCBI的FTP服务器上免费下载完整的库，或下载积累的新数据。
NCBI还提供广泛的数据查询、序列相似性搜索以及其它分析服务，用户可以从NCBI的主页上找到这些服务。
ncbi 基因组dna序列是哪一个
一种特殊的文件格式！表示数据库文件，foxbase,dbase,visual
foxpro,等数据库处理系统所产生的数据库文件!
打开方式
dbf
viewer
pro
是一个用于
windows
下的
dbf
数据库文件管理器。
可用foxpro打开
还可用excel进行打开
如何在NCBI DNA序列中找到STS标记物
要回到这个问题，还要从ncbi网站的GenBank数据库的创建说起。GenBank数据库是用来收集生物学基因测序的结果。如果你学过分子生物学，做过PCR试验就会知道RNA非常不稳定，容易讲解。PCR试验的模板和产物都是DNA序列。另外，也许还会有疑问，DNA序列是双链，数据库里的序列是哪一条。这是分子生物学的约定俗称的习惯，数据库里是正义链，也就是从左到右是3'到5'。也就是DNA酶复制的方向。
因为GenBank数据库保存的都是原始数据，所以就没有必要转换成RNA序列，如果你有特殊的序列分析需求（例如RNA结构预测）你可以用t-u转换即可。
在genebank数据库里面怎么找到候选靶基因的引物序列
GenBank是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ，NCBI)建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等， 1998)。为保证数据尽可能的完全，GenBank与EMBL、DDBJ建立了相互交换数据的合作关系。你可以到生物帮那里了解这方面的信息，生物帮，依托互联网，面向生物研究者、企业和研究机构，提供最新、领先、精准、高效、全面的生物产品和技术信息。我一般找资料都会去那里的。帮助蛮大的。 简介大型数据库分成若干子库，有许多好处。首先，可以把数据库查询限定在某一特定部分，以便加快查询速度。其次，基因组计划快速测序得到的大量序列尚未加以注释，将它们单独分类，有利于数据库查询和搜索时“有的放矢”。GenBank将这些数据按高通量基因组序列(HighThroughput Genomic Sequences，HTG)、表达序列标记(Expressed Sequence Tags，EST)、序列标记位点(Sequence TaggedSites，STS)和基因组概览序列(Genome Survey Sequences，GSS)单独分类。尽管这些数据尚未加以注释，它们依然是GenBank的重要组成部分。可通过Entrez数据库查询系统对GenBank进行查询。这个系统将核酸、蛋白质序列和基因图谱、蛋白质结构数据库整合在一起。此外，通过该系统的文献摘要数据库MEDLINE，可获取有关序列的进一步信息。在万维网上，进入NCBI的主页，可以用BLAST程序对GenBank数据库进行未知序列的同源性搜索(详见第六章)。完整的GenBank数据库包括序列文件，索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文献等子段建立的，用于数据库查询。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质序列数据库，其数据格式为FastA。GenBank曾以CD-ROM光盘的形式分发，价格比较便宜。随着数据库容量的增长，一套最新版的GenBank需要12张光盘存放，不仅生产成本很高，也不便于使用。现在，光盘分发的方式已经停止，可以通过网络下载GenBank数据库。可 参考：That can help you.Click /zt/focus/ncbi.htm, Sign in accountGenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本单位是序列条目，包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。目前，许多生物信息资源中心通过计算机网络提供该数据库文件。下面，我们介绍序列文件的结构。序列文件由单个的序列条目组成。序列条目由字段组成，每个字段由关键字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次关键字或特性表说明符开始。每个序列条目以双斜杠“//”作结束标记。序列条目的格式非常重要，关键字从第一列开始，次关键字从第三列开始，特性表说明符从第五列开始。每个字段可以占一行，也可以占若干行。若一行中写不下时，继续行以空格开始。序列条目的关键字包括代码(LOCUS)，说明(DEFINITION)， 编号(ACCESSION)，核酸标识符(NID)，关键词(KEYWORDS)，数据来源(SOURCE)，文献(REFERENCE)，特性表(FEATURES)，碱基组成(BASE COUNT)及碱基排列顺序(ORIGIN)。代码LOCUS是该序列条目的标记，或者说标识符，蕴涵这个序列的功能。例如，图4.1中所示的HUMCYCLOX表示人的环氧化酶cyclooxygenase。该字段还包括其它相关内容，如序列长度、类型、种属来源以及录入日期等。说明字段是有关这一序列的简单描述，如本例为人环氧化酶-2的mRNA全序列。序列代码具有唯一性和永久性，如本例中代码M90100用来表示上述人环氧化酶-2的mRNA序列，在文献中引用这个序列时，应该以此代码为准。核酸标识符NID对序列信息的当前版本提供?关键词字段由该序列的提交者提供，包括该序列的基因产物以及其它相关信息，如本例中还氧化酶-2 (cyclooxygenase-2)，前列腺素合成酶(prostaglandin synthase)。数据来源字段说明该序列是从什么生物体、什么组织得到的，如本例中人脐带血管(umbilical vein)。次关键字种属(ORGANISM)指出该生物体的分类学地位，如本例人、真核生物等等。文献字段说明该序列中的相关文献，包括作者(AUTHORS)，题目(TITLE)及杂志名(JOURNAL)等，以次关键词列出。该字段中还列出医学文献摘要数据库MEDLINE的代码。该代码实际上是个网络链接指针，点击它可以直接调用上述文献摘要。一个序列可以有多篇文献，以不同序号表示，并给出该序列中的哪一部分与文献有关。FEATURES是具有自己的一套结构，用来详细描述序列特性的一个表格。在这个表格内，带有‘/db-xref/’标志的字符可以连接到其它数据库内(本例，您看到的是一个分类数据库(taxon 9606)，以及一个蛋白质数据库(PID：g181254));序列中各部分的位置都加以标明，5’非编码区(1-97)，编码区(98-1912)，3非编码区(1913-3387)，多聚腺苷酸序列(3367-3374)，等等;蛋白质翻译的信号肽及最终的多肽也都有所说明。这个例子不能说很全面，但已经足以说明特性表给出信息的详细程度。 接下来是BASE COUNT记录，计算出不同碱基在整个序列中出现的次数(1010A，712个C，633个G，1032个T)。ORIGIN那一行，指出了序列第一个碱基在基因组中可能的位置。最后，核酸的序列全部列出，并以//作为结尾。检索方式：如果在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，进入NCBI ，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，即可以检索到所需序列。
在Genbank里输入你要找的物种或基因名，最好是查找该物种全序列，然后把你要扩增的序列复制导入primer premier进行引物设计，设计好的引物再在Blast里比对一下，看看有没有和其他物种或序列相同，如有相同，则说明这个引物特异性不高，不能用。
好了，今天关于“genbank数据库”的话题就到这里了。希望大家通过我的介绍对“genbank数据库”有更全面、深入的认识，并且能够在今后的学习中更好地运用所学知识。